В годы Великой Отечественной войны Советского наро­да против немецко-фашистских захватчиков Азербайджан обеспечивали действующую Крас­ную Армию не только горюче-смазочным материалом, воо­ружением, но и своим боевым участием на полях сражений; на фронте и в тылу работниками здравоохранения респуб­лики рассказывают многочисленные материалы музея пе­риода Великой Отечественной войны. Здесь и фотодоку­менты, и отчеты эвакогоспиталей, и другие материалы. Демонстрируются диорамы: эпизода переправы через Керченский пролив, где за проявленный героизм санитару Самеду Абдуллаеву было присвоено звание Героя Советского Союза (посмертно); подвига героически погибшего в Герма­нии при спасении раненых воинов, санинструктора Мамед  Мамедова, за что ему было присвоено звание Героя Совет­ского Союза; прибытия на вокзал г. Баку санитарного поезда с ранеными; еще одна диорама воспроизводит операцион­ную академика Мустафа Топчибашева (главного хирурга эва­когоспиталей республики).

Особый интерес представляют материалы, рассказываю­щие о партизанском враче Алие Рустамбековой, подлинник ее последнего письма из партизанского отряда «Дедушка».