M.M.Əfəndiyev dövrünün ilk azərbaycanlı professor-terapevtlərindəndi. O, həm də ilk milli həkim-alimdir ki, daxili xəstəliklərin propideptikası üzrə Azərbaycan dilində mühazirələr oxumuş və bir neçə dərs kitabı, vəssaiti yazmışdır.

 Mütərəqqi rus-avropa elmini və şərq-müsəlman  kübarlığını özündə birləşdirən M.M.Əfəndiyev böyük tədqiqatçı-alim və mahir klinist  olmaqla yanaşı gözəl mühazirəçi idi. Hələ gənc yaşlarında oxuduğu  mühazirələr istər tələbələr  və istərsədə peşəkar həkimlər tərəfindən çox maqarla qarşılanırdı. Tədrisinin çox maraqli cəhətlərindən biri də  o idi ki, hər bir  xəstəliyin regionar  cəhətlərini, xəstələrin  milli etnik psixologiyasını səciyyəndirilməyi bacarırdi;  həmişə qeyd edirdi ki xəstələrin müalicəsində, diaqnostikasinda  və müaniyyəsində  bunların əhamiyyəti var.

Azərbaycanın ilk  həkim pleyadasına məxsus M.Ə. Əfəndiyev 1897-ci ildə sentyabrn 28 –də  qədim Şamaxı şəhərində  anadan olmuşdu. Burada realnı məktəbdə təhsil alan gənc Məmməd Əmin  dünyagörüşünün  formalaşmasında və gələcəkdə  vətənpərvər  ziyalı kimi yetişməsində  müəllimləri – Məşhur Azərbaycan şairi  Abbas Sahhət, ictimayi xadim   H.İ. Veysov, habelə M.Ə. Sabir, Ağaəli Nəsir, Məmməd Tərrah , Məhəmməd Hadi tarixi şəhsiyyətlərlə dosrluq  edən dayısı  Əbdülrəhman Tofoqin  böyük təsiri olmuşdur.

 Realnı məktəbi bitirdikdən sonra  Petroqrad  Eletrotyexnika  İnstitutuna qəbul olunan Məmməd Əmin  burada baş verən siyasi  hadisələr və ailə vəziyyəti ilə əlaqədar  inqlablar şəhərində təhsilini davam erdirə bilməmiş, Bakiya qayıdıb  iki il müəllimliklə və ərəb- farscadan  tərcüməliklə məşğul  olmuşdur. 1919- cu  ildə Bakida açilan  ilk universitetinin  tibb fakültəsinə  daxil olmuş  və oranı müvəffəqiyyətlə  bitirdikdən sonra onu hospiralterapiya  klinikasına işləməyə dəvət etmişlər. Həmin vaxtdan da ömrünün sonuna kimi -65 il ərizində  M.Ə. Əfəndiyev  Azərbaycan Tibb  İnstitutunun   klinikalarında fəaliyyət göstərmişdir.

O dövrdə  respublikamızda elmi kadarlar  olmadığından yenicə təşkil olunmuş  kafedralara Moskvadan göndərilmiş  P.Q. Mezernitski, sonralar İ.Q. Uşinskiy  və N.P. Afonskiy  rehbərliyi altında  işləmişdir.

O, 1929-cü  ildə diaqnostika kafedrasının assistent,  bir ildən sonra isə ölkə patologiyası  kafedrasında  dosent  təyin edilmişdir.  O zaman  kafedra  Tropik İnstitutun  bazasında idi.  Eyni zamanda M.Ə. Əfəndiyev həmin instituta  beş il rəhbərlik edib.

1934-cü ildə müdafiə  etdiyi doktorluq dissertasiyası  Azərbaycanın İstisu mineral suyunun tədqiqinə və orqanizmə müalicəvi təsirinin öyrənilməsinə həsr edilmişdir.

1936-cı ildə Azərbaycan Tibb İnstitutunun  daxili xəstəliklər kafedrasının professoru seçilən M.Ə. Əfəndiyev 1938-1941 ci illlərdə eyni zamanda  Azərbaycan həkimləri  təkmilləşdirmə institutunun tədris işləri üzrə prorektoru, 1939-cü ildə isə həmin institutunun direktoru vəzifəsinin icraçısı olmusdur.

1941 ci ildə faşıst Almaniyası ilə müharibənin ilk günlərindən səfərbərliyə alınmış və 1944 cü ilə qədər həkim kimi orduda xidmət etmişdir. Cəbhədən  qayıtdıqdan sonra Azərbaycan Tibb İnstitutunun 1 Daxili xəstəliklərin propideptikası  kafedrasının  müdiri seçilmiş , 40 ildən artıq  bu vəzifədə  çalışmışdır.

 M.Ə. Əfəndiyev 1946-1948 ci  illərdə  eyni zamanda respublika Elmlər Akademiyasının  Eksperemental Təbabət İnstitutunun  klinik bölməsinə  rəhbərlik etmışdir.

Dərin ensiklopedik biliyə malik alim tibb elminin və səhiyyənin  müxtəlif sahələrində  böyük  elmi- prakteki  fəaliyyət  göstərmişdir. 30-cü illərdə Azərbaycanda tüğyan edən malyariya, qurd xəstəliklərinə  və digər  tropik – pazazit xəstəliklərinə qarşı  mübarizə tibbi və sosial problem kimi  dövlət səviyyəsində qaldırılmışdı. Gənc alim  külli miqdarda  nəzəti məlumat toplamaqdan sonra  pespublikanın rayonlarına ekspedisiyalar  təşkil etmiş, yerlərdə ( Lənkəranda, Massalıda  Cəlilabatda, Sırvanda, Evlaxda, Bərdədə, Gəncədə, Şamaxıda) xəstələrin  müayinə  və müalicəsinə təşkilatçısı və rəhbəri olmuşdur.  Bütün bunlari  elmi nəticəsi kimi professor M.Ə. Əfəndiyev və yetirmələrinin külli miqdarda elmi məqalələri və monoqrafiyaları, praktiki işlərə dair  vəsaitləri meydana gəlmişdir.

Professor M.Ə. Əfəndiyev praktiki və elmi fəaliyyətinin ən böyük rolu kurortologiya sahəsinə aiddir. İstisu, Naftalan, Şuşa, Darıdağ, Sirab, Badamlı, Suraxanı  kimi yerlərin təbiyi amillərinin  fiziki- kimyavi xassələrini və tibbi təsirlərini tədqiq  edən alim həm də kurort tikintisində feal iştrak etmişdir. 1932 ci ildə  SSRİ  Plan Komitəsində  Azərbaycanda  kurort tikintisi məsələsinin müzakirəsi zamanı  məhz M.Ə. Əfəndiyev  məruzəçi kimi cıxış etmiş, bir sıra kurotların ümümittifaq əhəmiyyəti malik olduğunu sübüt etmiş və tikintisinin genişləndirilməsini əsaslandırmışdır. Buna görə  də o haqlı olaraq kuroltologiyanın banislərindən biri hesab edilir.

Ərəb və fars dillərini mükəmməl  bilən alim qədim əlyazmalar üzərində ciddi araşdırmalar aparmış, Nizami, Fizuli, Xaqani və digər klassiklərinin yaradlcılığına müraciət edərək qiymətli tarixi məlumatlar toplamışdır.  Nəticədə 22 böyük azərbaycanlı alim haqqında mənbələr yaratmışdır. Bunlardan Müzhəddin Əli İbn  Əhməd Təbrizini (XII əsr),Mahmud Şirvanini(XYəsr), Şükür  Şirvanini(XYəsr) və başqalarını göstərmək olar.

M.Ə. Əfəndiyev çoxsahəli elmi-praktiki fəaliyyətinin digər vaçib sahələrindən  biri fəhlələr xüsusən neftçilər apasında peşə xəstəliklərinin, ürək-damar sistemi patologiyasının və respublikanın dərman ehtiyatlarının öyrənilməsi olmuşdur.

Böyük tətqiqaçı alim hələ gənc yaşlarından Azərbaycanda dövri tibbi  mətbuatın inkişafrında müəyyən işlər görüb.1932 -1937 ci ilərdə “Azərbaycan Tibbi”jurnalının məsul katibi işləmişdir. 1956 cı illdə o, Ümümittifaq” Klinki Təbabət” jurnalının redaksiya şurasının üzvü seçilmişdir. Uzun müddət Azərbaycan Terapevtlər Cəmiyyətinin sədri seçilən M.Ə. Əfəndiyev həm də terapevtlərin və kardialoqların Ümümittifaq cəmiyyətlərin idarə heyətinin üzvü idi.

Geniş dünyagörüşünə və edudisiyaya malik olan, biblioqrafiya işini gözəl bilən M.Ə. Əfəndiyev respublika Elmi-Tibbi kitabxanasının təşkilatçılarından biridir.

Onun xidmətləri hökümət  tərəfindən layiqincə qiymətləndirilərək , Lenin ordeni,  SSRİ  medalları və nişanları, Azərbaycan SSR Ali Sovetinin fəxri fərmanları ilə qeyd edilmişdir. Elmi sahəsində geniş fəaliyyətinə görə 1957 ci ildə əmakdar elm xadimi adını almışdı.

 Öz həyat və yaradıcılığı ilə milli ziyalığımızın bariz nümüməsi olan böyük təbib  mahir bir pedaqoq kimi tələbələrinin – gənc həkimlərin proffessional və mənəvi kamilliyinə də xüsüsi əhəmiyyət  verirdi. Onun nəzərincə, həkim ən əvvəl ziyalı bir vətandaş olmalıdır.  Müalicələrini dərman acılığına bayatı şirinliyini qatan alim belə hesab edirdi ki, sağlamlığını itirmiş xəstənin şəfalanmaq inamının əsasını həkim söhbətinin məlhəmliyi,  həkim təmasının mərhəmliyi və həkimin əhlaqının təmizliyi təşkil edir.

Azərbaycan Təbabəti Muzeyinin qarşısına qoyulan əsas vəzifələrdən biri də ölkəmizin tibb elminin və səhiyyəsinin inkişafında xidmətləri olmuş görkəmli həkim və alimlərimizin fəaliyyətini indiki nəslimizə çatdırmaqdır. 

  Bakı şəhərinin professor M.Ə. Əfəndiyevin  adını daşiyan 2 saylı Şəhər Kliniki Xəstəxanasında  Azərbaycan Təbabəti Muzeyi  sərqi təşkil etmiş,  görkəmli alim M.Ə. Əfəndiyevin həyat və fəaliyyətini  əks etdirən  foto sərqisini   sentyabr və oktyabr aylarında nümayiş olunmuşdur.